Как правило, для устранения уязвимостей достаточно обновить CMS до актуальной версии и поменять пароли административной панели сайта и ftp. Удаление постороннего (вредоносного) кода представляет собой более сложную задачу.

Дело в том, что большая часть вредоносных скриптов не является вирусами и антивирусным ПО не обнаруживается. Если взлом был обнаружен своевременно, можно попытаться удалить все файлы сайта и восстановить их из резервной копии, но, к сожалению, этот способ, как правило, не приносит результатов, поскольку обычно взлом удается обнаружить не раньше, чем через месяц.

Поиск вредоносного кода вручную является очень сложной и трудоемкой задачей. В первую очередь нужно найти скриптовые (php) файлы там, где их не должно быть: в директориях для медиаконтента, для пользовательского аплоада и т.д.

Однако таким способом удается обнаружить существенно менее половины присутствующего вредоносного кода. Более серьезные результаты дает использование скрипта "Айболит". Однако этот скрипт рассчитан на использование в автоматическом режиме и не позволяет обнаружить все возможные вредоносные скрипты, а в некоторых случаях может удалить файл, не являющийся вредоносным.

Наилучший результат приносит поиск в три этапа: на первом этапе анализируется характер взлома и определяется характер уязвимости, приведшей к взлому, далее производится поиск подозрительных файлов по обширной коллекции сигнатур вредоносного кода и на последнем этапе подозрительные файлы анализируются специалистом вручную для принятия решения о вредоносности каждого из этих файлов.

Такая работа требует высокого уровня квалификации и большого объема затрат труда, но приносит наилучший результат. Очистка сайта от постороннего кода должна производиться максимально тщательно, поскольку даже один оставшийся незамеченным веб-шелл делает бесполезными все произведенные работы по очистке.